Die Verbreitung des Baummarders erstreckt sich in Europa über alle bewaldeten Gebiete bis zur Baumgrenze. Dennoch verzeichnet ihn die Rote Liste der BRD als gefährdet (Kategorie 3) und in Sachsen-Anhalt ist er als stark gefährdet (Kategorie 2) eingestuft. Ebenso wie der Iltis ist er im Anhang III der Berner Konvention geschützt. Laut §2 des Bundesjagdgesetzes (BJagdG) darf er von 16.10. bis 28.02. nicht bejagt werden. Für Sachsen-Anhalt gibt es bisher keine spezielle Regelung.
Anders als der Iltis ist er ein reiner Waldbewohner, offene Flächen werden gemieden. Durch das Jagen im Kronenraum des Waldes ist er jedoch auf zusammenhängenden Baumkronen angewiesen. Dieses Kriterium erfüllen alte Baumbestände, in welchen die Kronen der Bäume ineinander gewachsen sind. Auch günstig sind Inseln größerer zusammenhängender Kronenräume in regelmäßigen Abständen. Demnach ist die Zerschneidung der Wälder für ihn ein Problem, da er offene Flächen nicht überquert und ausgeräumte Landschaften ohne Wanderkorridore verhindern die Vernetzung der Waldlebensräume. Dabei wird eine waldähnliche Route die hohe Bäume enthält, wie Flussufer und Hecken, gern als Wanderroute angenommen.
Baummarder sind hauptsächlich dämmerungs- und nachtaktiv, aber auch regelmäßig tagsüber anzutreffen. Als Unterschlupf werden Vogelnester, Eichhörnchenkobel, Baum- und Spechthöhlen, sowie Baumstümpfe genutzt. Da er sich im Winter mehr am Boden aufhält, ist auch liegendes Totholz als Unterschlupf wichtig. Baummarder jagen hauptsächlich Kleinsäuger (hauptsächlich Mäuse und Eichhörnchen), Vögel und deren Eier. Aber auch Reptilien, Frösche, Insekten und Aas gehören zur Beute. Im Herbst sind auch Früchte, Beeren und Nüsse von Bedeutung.